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内容摘要:
蛋白质序列特征:利用改进型伪氨基酸组成法(PseAAC)、伪位置特异性得分矩阵法(PsePSSM)和三联体编码法(CT)对蛋白质序列进行特征提取,并将这三种方法得到的特征向量进行融合,以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型,然后输入到堆栈式降噪自编码器(SDAE)深度网络里自动学习更有效的特征表示,选用 Softmax 回归分类器进行亚细胞的分类预测,可有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。利用 PSI-BLAST 工具搜索蛋白质序列,提取位点特异性谱中的位点特异性得分矩阵作为蛋白质的一类特征,并计算 4 等分序列的氨基酸含量以及 1~7 阶二肽含量作为另外两类特征,由这三类特征一共得到蛋白质序列的 12 个特征向量。通过设计一个简单加权函数对各类特征向量加权处理,作为神经网络预测器的输入,可提高蛋白质亚细胞定位预测的精度。 在启动子的筛选过程中,通常需要考虑多种因素,包括启动......
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