MRM实验中扫描的是一个质量数，所以扫描速度（2，000 amu/sec）已经远远超过了MRM实验的要求；过去制约速度的瓶颈是离子驻留时间，过去常需要几十毫秒，AB 5500串联液质设备好不好，如果过短，数据质量会受到影响。对于MRM切换速度存在同样的瓶颈。
5500的设计使其即使在2毫秒的驻留时间、2～3毫秒的MRM切换速度下，不降低数据质量
同时，减小碰撞室、IQ2和IQ3聚焦孔径，相对地提高了分子泵在分析区域的抽力，当进行MS/MS扫描时，也提高了分析器的真空，从而提高灵敏度。二、的QJet-2离子透镜，极大地提高了系统的灵敏度，改善了真空的分配QJet-2离子透镜用于聚焦来自离子源的离子，在四极杆上只加RF射频电压；大孔径设计使更多离子能进入质量分析器；用气动学原理和RF射频电压将离子捕获，并聚焦进入质量分析器的高真空区域。这是提高灵敏度的基础。
（2）改善散射场：在离子萃取区适当增加一定相辅助射频电压
谱图质量更高、离子阱内的质谱碎片更丰富的原因来自于：（1）脉冲气的引入能更快地冷却离子（2）脉冲气和更高的RF电压，能在很短的离子时间内在离子阱内产生更丰富的离子碎片信息
以前的Qtrap3200和Qtrap 4000，离子阱的扫描速度为4，000 amu/sec，Qtrap 5500提高到20，000 amu/sec。
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