植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
异源染色质及多种染色体畸变检测：通过远缘杂交把有用遗传物质基因的异源染色质渐渗到植物中。如带有几种抗病基因的黑麦1R染色体已被整合到许多高产的小麦品种中。原位杂交技术则是鉴定外源染色体(质)的有效手段。
基因组印记研究：基因组印记是指一个基因的两条染色体上的DNA序列存在差异。通过植物原位杂交技术，可以检测到基因组印记的存在和分布，从而帮助确定基因组的进化、遗传和功能特征。
原位杂交技术（in situhybridization）是以标记的核酸分子为探针，在组织细胞原位检测特异核酸分子的技术。使含有特异序列、经过标记的核酸单链即探针，在适宜条件下与组织细胞中的互补核酸单链即靶核酸发生杂交，再以自显影或细胞化学方法对标记探针进行探测，从而在细胞原位显示特异的DNA或RNA分子。
可以检测cRNA、miRNA、LnRNA、DNA。可以各种种属的标本，包括哺乳动物、爬行动物、菌、植物标本。也可以检测组织芯片。
植物染色体原位杂交技术的应用非常广泛。例如，它可以用来研究植物基因组的结构和功能，包括基因定位、染色体重组、基因表达和基因组演化等方面。此外，该技术还可以用来检测植物中的染色体异常，如染色体缺失、重复和易位等。
植物染色体原位杂交技术的优点在于它可以直接观察到染色体上的目标DNA序列，染色体原位杂交，而不需要进行PCR扩增或测序等操作。此外，该技术还可以同时检测多个目标DNA序列，从而提高检测效率和准确性。
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