二级处理常用的是生物处理法，它能大幅度地除去废水中呈胶体和溶解状态的有机物，水处理剂除垢缓蚀剂，使废水符合排放标准。但经过二级处理的水中还存留一定量的悬浮物、生物不能分解的溶解性有机物、溶解性无机物和氮磷等藻类增值营养物，水处理剂超滤膜阻垢剂，污水处理成套设备，并含有病毒。因而不能满足要求较高的排放标准，如处理后排入流量较小、稀释能力较差的河流就可能引起污染，也不能直接用作自来水、工业用水和地下水
