生物肥料(微生物肥料)的种类较多,按照制品中特定的微生物种类可分为菌肥料(如根瘤菌肥、固氮菌肥)、线菌肥料(如抗生菌肥料)、菌类肥料(如菌根菌);按其作用机理分为根瘤菌肥料、固氮菌肥料(自生或联合共生类)、解磷菌类肥料、硅酸盐菌类肥料;按其制品内含分为单一