影响微波消毒效果的因素有:医疗废物的性质，移动医疗废物处理设备，含水率，温度，医疗废物量，协同剂.含水率水是好的吸收微波材料，吸收微波是微波消毒的必要条件，所以待处理的医疗废物的含水率对消毒效果影响明显.含水率影响具有三层意义:不含水分的材料难以用微波消毒，这已被大量试验研究证明.细菌芽孢经过脱水处理后微波照射很难将其杀灭.处于干燥状态的大肠杆l菌比液体中的细菌芽孢对微波抗力还强.
