生石灰在灭杀和抑制土壤中的有害病虫菌的时候不只杀有害菌，它还把有益菌一并了，也就是说它是有害菌、有益菌通杀。所以，在使用后隔几天要及时适量增施一些微生物菌肥或菌剂来增加有益活菌数。例如，在使用腐熟有机肥时配施适量的菌肥或者在瓜果蔬菜定植后随水冲施一些含有枯草芽孢或哈茨木霉菌的菌剂等。
土壤消毒通常来说对于重茬的农田来说会由于病虫害的积累，呈现重茬后发病率增加的趋势。因此来说，在重茬的农田撒入一些生石灰能够有效地降低土壤的土传害，对于土壤的线虫以及虫卵、病菌都能够起到有效地灭杀作用，减少来年的作物的发病率。
对生石灰的误会
对于水产养殖使用生石灰的传统方法，多不受鱼药商鱼医们的推荐。在现实中还有些误解存在，甚至有些人（多是鱼药商人）故意误导，石灰粉直销，认为生石灰是强碱物质，平时连人都受不了，更何谈鱼儿这脆弱的生命；有人认为生石灰是强碱又强热的物质，在夏季热天时误以为会伤及鱼儿，其实，只要在有鱼塘中把生石灰用量控制准确，在每亩每米水深60斤以下都会安然无恙；还有人认为：现在科学这么发达了，的鱼药比比皆是，生石灰既耗力又麻烦，根本就没必要去使用它了
石灰的用途广泛，石灰粉批发，但人们的认识还大多局限在建筑行业，石灰粉，常言道有人类就离不开石灰，以下就为大家简单概括石灰的其他用途。水产养殖：鱼虾下养时间长了水质会浑浊时，就会用到石灰，清干塘时也会用石灰。农业：由于滥用劣质化学肥料，导致土壤板结、酸化、盐渍化、土传病害越来越严重，石灰粉生产厂，蔬菜死棵现象也频频出现，土壤中残留的病菌也越来越多。所以，农民朋友又开始找寻各种方式来改良土壤，其中利用生石灰来改良土。（种花生时洒石灰粉让老鼠掉毛）。
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