什么是亚细胞定位？首先我们来看什么是亚细胞。细胞是构成生物体的基本结构单位和功能单位，是生命的物质基础。细胞的结构复杂精巧且高度有序，亚细胞是比细胞结构更细化的结构，根据功能和空间分布的不同，细胞内部可以进一步划分为不同的细胞区域或细胞器，即亚细胞，蛋白互作，其结构一般只有在电子显微镜(EMs)下才能看到。它们的特点是在细胞内，功能和空间相互隔离，又共同协调维持完整的细胞功能。在一定范围内，亚细胞结构等同于细胞器，不过像细胞膜虽然可以叫亚细胞结构，但不是细胞器。每种亚细胞结构中都存在一组特定的蛋白质，亚细胞结构为这些蛋白质行使功能提供了相对独立的生命活动场所。同时也只有在相同或相近的亚细胞位置上蛋白质间才会有相互作用。
GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚焦显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以地定位蛋白质的位置。绿色萤光蛋白（GFP）是一个由约238个氨基酸组成的蛋白质，从蓝光到紫外线都能使其激发，发出绿色荧光。通过基因工程技术，绿色萤光蛋白(GFP)基因能转进不同物种的基因组，在后代中持续表达，并且能根据启动子特异性地表达。
使用GFP必须构建融合蛋白载体，并在转染之后有效表达。这样，若在荧光显微镜下看到细胞内某一部位存在GFP信号，说明和GFP融合的蛋白也存在于该部位，这样就达到了确定某物质亚细胞定位的目的。
为什么有的共定位图片中叶绿体通道是玫红色？
在拟南芥、、玉米、大麦、小麦等材料中，种植培养苗子时是正常接受光照的，叶片中含有大量叶绿体，而叶绿素在640nm左右的激发光下可产生红色的自发荧光。当在这些含叶绿体较多的受体材料中做共定位实验时，共定位marker一般为红色荧光（在560nm左右的激发光下），实验及共聚焦拍摄时两个波长通道的荧光互不影响，但视野下看着比较混淆，尤其叠加后二者不易分清，因此只是在颜色显示上将叶绿体自发荧光设置为玫红色，以显示和共定位marker的区别。
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