根据核酸探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image analysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。
原位杂交技术的实验结果
原位杂交技术的实验结果包括阳性信号和阴性信号的判断标准。阳性信号是指探针与目标核酸序列特异性结合形成的双链复合物，原位杂交试剂，在显色反应、荧光染色或性同位素标记下呈现出明显的信号。阴性信号是指探针未与目标核酸序列结合，不呈现任何信号。实验结果的分析需要结合探针的特异性和敏感性、组织或细胞的原始结构以及实验条件等因素综合进行。
原位杂交技术还在以下生物领域有应用：
生态学和环境科学：在生态学和环境科学领域，原位杂交技术可以用于研究生物与环境之间的相互作用。例如，原位杂交，通过标记特定基因的探针，可以检测环境中微生物种群的分布和变化，荧光原位杂交，进而研究其对环境的影响和作用。
进化生物学：在进化生物学领域，原位杂交技术，原位杂交技术可以用于研究物种之间的遗传差异和进化关系。例如，通过比较不同物种之间基因序列的差异，可以揭示物种之间的亲缘关系和进化历程。
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