植物原位杂交除了在遗传育种方面的应用，还在其他领域有着广泛的应用，包括：
植物基因研究：植物基因是一种利用基因工程技术来人类遗传疾病的方法。通过植物原位杂交技术，可以将人类基因导入到植物细胞中，并在植物细胞中表达出相应的蛋白质，为基因提供重要的物质基础。
植物抗性研究：植物原位杂交技术可以用于研究植物对环境胁迫的抗性机制，例如抗旱、抗盐、抗病等，有助于了解植物在环境胁迫下的生理和分子响应机制。
植物比较研究：通过植物原位杂交技术可以比较不同植物之间基因表达模式的差异，从而为植物分类和进化研究提供重要的参考依据。
原位杂交（In situ hybridazation）
固定
收集斑马鱼的胚胎，在Holfretor水中培养，到达所需要的发育时期时，用蛋白酶去除卵膜，用4%多聚甲醛固定，荧光原位杂交技术，在4℃保存，二十四小时后用50%2%多聚甲醛溶液洗，原位杂交检测，然后换成，在-20C 保存，待用(两天和两天以上的胚胎需要用处理，去除色素。或者使用苯锍脲稀溶液培养，可阻断色素的形成)
预杂交
1）每个管中置换成大约300ulHYB－溶液，60℃水浴5分钟，原位杂交，避免振荡。
2）用等体积的HYB＋取代HYB－。
3）60℃水浴，预杂交4小时以上。
杂交
1）吸去预杂交的HYB＋，加上100ul已加入探针的HYB＋溶液（探针浓度约为1ng/ul）..
2）60℃ 温浴过夜。
注：杂交与预杂交的温度可以是55到60度不等，荧光原位杂交，温度越低，探针结合越好，温度越高，背景越小。
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