植物原位杂交在遗传育种方面的应用主要包括：
检测物种或品种特异性：通过植物原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特异性研究提供依据。
遗传育种：通过植物原位杂交技术可以检测到不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。例如，通过将特定的外源基因导入到植物细胞中，然后利用原位杂交技术检测该基因在植物细胞中的位置和表达情况，为遗传育种提供重要的参考信息。
原位杂交技术(In situ hybridization，ISH)是分子生物学、组织化学及细胞学相结合而产生的一门新兴技术，始于20世纪60年代。1969年美国耶鲁大学的Gall等(1969)首先用爪蟾核糖体基因探针与其卵母细胞杂交，将该基因进行定位，与此同时Buongiorno—Nardelli和Amaldi等(1970)相继利用同位素标记核酸探针进行了细胞或组织的基因定位，从而创造了原位杂交技术。自此以后，由于分子生物学技术的迅猛发展，GISH，特别是20世纪70年代末到80年代初，分子、质粒和噬菌体DNA的构建成功，为原位杂交技术的发展奠定了深厚的技术基础。
植物组织原位杂交技术在植物基因表达和调控研究中具有广泛的应用。它可以用来研究植物发育、生长、逆境响应等方面的基因表达模式和调控机制。例如，可以利用该技术研究植物中的转录因子、信号转导通路、代谢途径等基因的表达和调控。此外，植物组织原位杂交技术还可以用来鉴定植物中的病原体、检测植物等方面。
总之植物组织原位杂交技术是一种重要的分子生物学技术，可以用来研究植物基因的表达和调控。它具有操作简便、结果可靠、应用广泛等优点，是植物分子生物学研究中不可或缺的工具。
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