在酵母双杂交系统中，BD与X蛋白融合，AD与Y蛋白融合，如果X、Y之间形成蛋白-蛋白复合物，AD与BD会在空间上充分接近，重新构成结构域，启动报告基因的转录。拥有BD质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长，拥有AD质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长，通过接合（mating）或共转化使酵母同时拥有AD与BD质粒。如果BD上的目的蛋白与AD上的诱饵蛋白存在相互作用，这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长，并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。
水稻种子是人类重要的食物来源，其发育涉及一个复杂的调控网络，其中转录因子发挥了关键作用。MADS转录因子家族成员是植物花器1官发育的重要调控因子，已有的研究表明，几乎所有的水稻MADS基因都在种子中表达，但对MADS家族成员参与水稻种子发育调控的研究结果仍比较少。
在这项研究中，研究组基于前期的表达谱研究基础，分析得到了一个在水稻生殖发育阶段优先表达的转录因子MADS29。细致分析表明，MADS29在花药、胚珠和种子中均表达，且在受精后的母体组织表达量高。MADS29的反义转1基因植株呈现种子皱缩、淀粉粒形态异常、灌浆速率下降等表型。通过解剖学切片、末端转移酶标记实验和全基因组表达谱芯片分析等，研究人员证明了MADS29通过调控程序化死1亡(PCD)过程促进珠心细胞和珠心突起处的降解。进一步的体外凝胶阻滞实验显示，植物原位杂交技术服务，MADS29能够通过直接结合程序化死1亡相关基因的启动子区域而调控其表达，进而影响胚乳发育。
原位末端凋亡检测（Tunel）
实验原理： TUNEL技术可对组织或细胞中凋亡小体或单个凋亡细胞进行染色，能准确反映细胞凋亡典型的生物化学和形态特征。凋亡细胞内内源性核酸内切酶被而将自身染色体DNA切断成缺口或3-OH末端片段这一特点，利用脱氧核苷酸末端转移酶将标有标记物(如，生物素或荧光素)的脱氧核苷酸转移到3-OH末端，再用组化法或荧光检测凋亡细胞。
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