应用于分子病理诊断的DNA测序技术有直接测序法和焦磷酸测序法。直接测序技术主要是Sanger等发明的双脱氧链末端终止法。其原理就是根据核苷酸在某一固定的点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，产生A、T、C、G4组不同长度的一系列核苷酸，然后在尿素变性的PAGE胶上电泳进行检测，从而获得DNA序列。直接测序法是基因突变检测的“金标准”，其优点是结果准确，重复性好，可检测整个测序范围内已知和未知突变点;缺点是步骤多，耗时长，RNA原位杂交测试服务，灵敏度低，过程不易控制，在检测已知突变位点方面将逐渐被荧光定量PCＲ法替代。
点对点酵母双杂交验证实验流程
1、诱饵蛋白毒性及自激1活检测；
2、共转化：分别将诱饵/捕获质粒（pGBKT7-Bait/pGADT7-Prey）、阳性对照质粒（pGBKT7-p53/pGADT7-T）、阴性对照质粒（pGBKT7-Lam/pGADT7-T）分别共转到Y2H Gold感受态细胞中，涂布于DDO平板培养；
3、点板验证：分别从平板上挑单克1隆稀释10倍、100倍、1000倍，然后点板到TDO/X/A和QDO/X/A固体培养基进行验证；
4、实验数据与报告整理。
首先，分子病理诊断为的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见病例时，尤其是通过形态学和免yi组化染色仍不能确定的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断疾病的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该疾病的预后及转归。应用领域广泛的要数软组织和骨、淋巴造血系统，因为这些系统的相似而不同，单靠镜下表现和已知的已无法满足诊断需求。另外，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的分子分型，通过基因表达谱研究，可将分为管腔A型、B型，HER-2阳性型，基底样型。
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