提供结构、功能信息：小动物磁共振成像除能显示组织的结构病变外，还能同时无创的进行功能成像，反映组织的不同功能和特征。例如进行磁共振波谱成像可以获得感兴趣区域内源性代谢物的信息，采用弥散张量成像可以获得脑组织中白纸纤维束的走向和完整性等信息。
对运动敏感：小动物磁共振成像对运动特别敏感，由于动物不能像人一样自主憋气，因此在对腹部脏器如肝1脏、心脏等易受呼吸和心脏搏动影响的脏器进行检测时，需要配合使用呼吸门控和心电门控，以消除图像运动伪影。
AD脑组织Tau蛋白检测
模型：12月龄PS19小鼠
显像方式：11C-PBB3-PET/MRI，尾静脉给药（29.7 ± 9.3MBq）后动态扫描90min。
意义：12月龄PS19小鼠脑干部位可见密集tau蛋白（11C-PBB3）显像。
AD脑组织胆1碱能神经元显像
模型：6名AD病1人，6名年龄匹配的自愿者。
显像方式: 18F-FEOB1V， 3小时后显像。
意义：检测AD时，测量胆1碱能信号比测量葡萄糖代谢、Aβ含量能提高诊断准确率。
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除了结构性影像，其他的影像学都可以被称为功能影像学。脑功能成像是一种基于血氧浓度依赖性（BOLD）的脑功能成像技术，其基本原理是通过脑内血氧饱和度的改变来反映脑功能状态。按其实施方式可分为两类：静息态（Resting-state fMRI，小动物成像MRI，rs-fMRI）和任务态（Task fMRI，tfMRI）。
因为动物难以完成某些具体的工作，所以在小动物中，常用的方法就是静息态的研究。所谓的静息态，就是在没有任何介入的情况下，将动物放入核磁1共振仪中，对其进行扫描。目前，已有的研究主要集中在静息态，即低频段（ALFF）和局部一致性（ReHo）等。另外，基于动物静息态数据我们还可以通过计算不同脑区BOLD信号的相关系数研究大脑功能连接（Functional connection，FC)，更深层的基于功能连接的网络图还可进行图论相关指标的分析，如小世界“（small world）属性、“富人俱乐部”（rich club）等。目前，在阿尔兹1海默症和帕金1森病等与学习记忆和认知功能障碍有关的动物模型中，应用多的小动物功能影像学。
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