滴灌系统管网中滋生的菌或藻类菌可以在没有光线的系统中生长，它们可以形成黏物质团或引起铁或硫的沉淀或者像附着剂一样把粉粒和黏粒粘在一起，聚合形成足够大的团粒使滴灌带、滴灌管堵塞。藻类可以在微滴灌系统水源的水表面生长而导致初级或次级过滤器的堵塞，也可在滴灌系统内生长而直接导致滴灌带、滴灌管出水孔口的堵塞。
滴灌管系统中的钙盐沉淀。对于一般的微滴灌灌溉水源，钙盐的沉淀是很普通的。它以膜或“镀层”的形式存在于系统的表面。碳酸钙会因温度和PH值的变化而发生沉淀。一般情况下，含有2.0mg/L碳酸氢钙的水，如果PH值大于7.5时就会发生严重的沉淀，从而堵塞滴灌带、滴灌管、滴头、滴箭的滴孔或流道。
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当然在节水灌溉管道的用料上，要符合使用环境的要求，塑料管材就要有一定的抗老化性能，钢铁管材就要有一定的防锈能力，农业节水喷灌设备销售，要保证管材安装在所处环境后，能经受住风吹、日晒、雨淋、冰雪或其他特殊情况。毕竟寿命性也是非常重要的考虑因素。
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