EM菌在水产养殖中的作用与功效主要包括以下几点：
改善水质：EM菌可以调节水体中的微生物群落结构，促进有益微生物的生长和繁殖，抑制有害微生物的繁殖，提高水质的稳定性和清洁度。通过使用EM菌，可以有效降低水体中的氨氮、亚硝酸盐等有害物质的浓度，改善水质的环境，提高水产养殖的效益3。
提高养殖动物的健康水平：EM菌可以调节养殖动物肠道微生物群落的平衡，改善肠道环境，提高养殖动物的消化吸收能力和免疫力。通过使用EM菌，可以减少养殖动物的肠道疾病发生率，提高养殖动物的健康水平，降低药物的使用量，生产出更加健康、安全的水产品3。
降低养殖成本：EM菌可以提高饲料的消化吸收率，减少饲料的浪费，节约饲料成本。此外，EM菌还可以发酵分解饲料中的有机物，提高饲料的可利用性，降低饲料的成本。通过使用EM菌，可以降低养殖动物的饲料消耗量，提高肉料比，节约饲料成本3。
提高产品的：EM菌可以降低养殖动物体内有害物质的积累，提高产品的，提升经济效益。通过使用EM菌，可以降低产品中的有害物质含量，提高产品的营养价值和口感，生产出更加健康、安全的水产品
