在鱼菜共生系统中，菜的种植就是采用就是水培、雾培以及基质培，在这里的基质培只能选用岩棉基质。对于水培与雾培来讲，它营养成分主要是来源养殖中鱼的粪便进行一系列的发酵，形成作物生长需要的肥料。这个与传统的无土栽培基本类似，经过植物吸收后，还会流入到养殖区域，不过经过种植设施的水需要经过过滤处理，鱼菜共生技术，才能再次流入到养殖区域中。
鱼菜共生对消费者有吸引力的地方有三点：
种植方式、全流程自证清白。因为鱼菜共生系统中有鱼存在，任何农l药都不能使用，稍有不慎会造成鱼和有益微生物种群的死l亡和系统的崩溃。
第二，鱼菜共生系统脱离土壤栽培，避免了土壤的重金属污染，因此鱼菜共生系统蔬菜和水产品的重金属残留都远传统土壤栽培。
第三，鱼菜共生系统蔬菜有特有的水生根系，如果鱼菜共生农场带着根配送的话，消费者很容易识别蔬菜的来源，避免消费者产生这颗蔬菜是不是来自批发市场的疑虑。
系统运行过程
在水循环中，把水中的剩余鱼食、粪便等过滤收集在反应器中，并经过有压厌氧的微生物发酵。在发酵后会有氮氨等元素的形成，在进入到硝化菌区进行分解，转化成可以作物植物吸收的成分。
⑵硝化种植系统
①系统基本结构
在整个消化种植系统包括种植管、硝化球、发酵分解过滤袋等设备和结构单元构成，实现对于大分子有机物的收集、发酵、分解硝化和植物吸收的作用。
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