原位杂交技术是一种在生物组织或细胞中定位DNA片段或RNA序列的重要生物技术，具有广泛的应用前景。该技术在医学、农业和工业等领域都有广泛的应用，可以帮助人们深入理解基因表达和遗传特征，染色体原位杂交，为疾病的诊断和、品种的鉴定和遗传育种以及产品安全性和稳定性的检测提供有效手段。随着科技的不断发展，原位杂交技术的应用前景将更加广阔，为生命科学和医学等领域的研究提供更多可能性。
根据核酸探针标记物的种类分别进行自显影或利用酶检测系统进行不同显色处理。细胞或组织的原位杂交切片在显示后均可进行半定量的测定，如自显影可利用人工或计算机辅助的图象分析检测仪（computer-assisted image analysis）检测银粒的数量和分布的差异。非性核酸探针杂交的细胞或组织可利用酶检测系统显色，然后利用显微分光光度计或图像分析仪对不同类型和数量的核酸的显色强度进行检测。
DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。
探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，可能无法正确检测。
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