原位杂交技术可以应用于以下场景：
组织中病毒DNA/RNA的检测和定位。例如，可以用于检测EB病毒mRNA、人类状瘤病毒和巨细胞病毒DNA等。
癌基因、抑癌基因及其他各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测。
检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等。
在植物基因组研究中的应用。例如，染色体原位杂交，通过与特定基因序列的探针进行杂交，可以在植物染色体上定位到目标基因的位置，进而构建遗传图谱，为植物育种和基因组研究提供基础数据。
原位杂交（In Situ Hybridization）是指将特定标记的已知核酸序列为探针与细胞或组织切片中核酸进行杂交，原位杂交，从而对特定核酸序列进行定量定位的过程。这个技术可以用于研究细胞或组织中特定基因或DNA序列的表达和定位，从而帮助研究者深入理解和探究生物学过程。原位杂交有几种不同的类型，包括荧光原位杂交和其他用于基因表达分析的方法。
DNA 探针为原位杂交提供较高的灵敏度。与RNA探针相比，DNA探针与靶mRNA 分子的杂交强度较弱，原位杂交检测，因此在杂交后的洗涤中不应使用甲醛。
探针特异性至关重要。如果已知细胞中mRNA或DNA的确切核苷酸序列，则可据此设计高度的互补探针。如果超过 5% 的碱基对不互补，那么探针只能与靶序列发生轻度杂交。这意味着，探针更容易在洗涤和检测步骤中被洗去，可能无法正确检测。
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