臭氧用于杀菌处理对一般细菌、大肠菌群、酵母菌、病毒等的杀灭是非常有效的，臭氧杀菌作用来源于其强有力的氧化能力。目前，欧美广泛应用于自来水的消毒，在日本臭氧多用于生活废水和工业废水的处理、食品及食品原料的处理、食品厂内及食品仓库(冷库)内空气的净化灭菌。臭氧（O3）的消毒原理是：臭氧在常温、常压下分子结构不稳定，很快自行分解成氧 气（O2）和单个氧原子（O）。后者具有很强的活性，对细菌有极强的氧化作用，将其杀死， 多余的氧原子则会自行重新结合成为普通氧原子（O2），不存在任何有毒残留物，故称“绿色”消毒剂。它不但对各种细菌（包括肝炎病毒，大肠杆菌，绿浓杆菌及杂菌等）有极强的杀灭能力，而且对杀灭霉菌也很有效。
