全自动石磨面粉机加工质量的重要影响因素是原粮的清理，小麦清理系统的设计和性能决定了全自动石磨面粉机加工的质量和效益，好的清理工艺和系统既可以提高生产率，扩大效益，又可以生产出的面粉，因此清理系统是全自动石磨面粉机非常重要的部件。
全自动石磨面粉机的加工质量和清理杂志的数量，取决于系统的长度和使用的好坏。在某些情况下，一个独立的多功能设备能清除小麦中存在的大多数杂质，满足一台小型全自动石磨面粉机产量的需要，这样可以缩短清理时间，有效提高能量利用率，并且降低安装和维修的费用。
小麦清理设备的基本原理是利用杂质不同的物理性能进行分离，去除杂质。分离的基本依据是磁性、在空气中的悬浮速度、密度、颗粒大小、形状、内部的强度和颜色等。色选机、滚筒或碟片分离器和多通道风机这样的清理装置，尚有很多优越的性能，需要在实际中发挥。在小麦清理系统中，所有设备的工作性能取决于小麦流经系统时的连贯性，在清理程序中，所有计量装置是首先要确定的，它能够完善整个系统的性能，在尽可能地获取化利益的前提下，清理系统的设计应该反映磨粉的生产目标和所期望的面粉质量。清洁的小麦能生产高质量的面粉，提高出粉率，并且降低磨粉机中的磨辊齿的维修费用。
小麦清理系统的工艺长度与复杂程度可以根据小麦类型和生产的面粉质量来进行调整，过度清理会增加不必要的生产费用。如果生产高精粉，短的清理流程和小的清理空间，仅能清除可能损害设备的杂质，还有更多的杂质和大部分被污染小麦没有清除如果生产硬质粗粒面粉或者高质量的面粉，而又对色泽和灰分有严格要求的话，清理系统就必须清除直接影响面粉质量的杂质，但是有可能导致脏麦、杂质排出量的降低。
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