2005年至2007年以石榴15个类型共73个品种为试材，利用9个枝叶性状、9个果实性状、裂果抗性、干腐病抗性、216个AFLP分子标记进行了遗传多样性分析和聚类分析，并利用果实性状和抗性性状对石榴品种资源进行了综合评价与优良品系筛选，主要研究结果如下: 通过对石榴品种抗裂果性能的综合评价认为，不同石榴品种间抗裂果性能差异显著，选育不裂果和抗裂果品种是解决石榴裂果这一生产问题的有效途径之一。在本次试验的60个品种中，不裂果、抗裂果、轻度裂果、中度裂果和严重裂果品种个数分别为2个(占0.03%)、13个(占21.67%)、41个(占68.33%)、3个(占6.7%)、1个(占1.67%). 石榴品种间干腐病抗性表现差异极显著。其中，高抗、抗病、感病和高感品种个数分别为4个(占5.49%)、29个(占39.74%)、37个(占50.69%)、3个(占4.11%)。石榴品种抗裂果性能和干腐病抗性的相关性不显著。‘三白甜’和‘天红蛋’两个石榴类型的裂果抗性与干腐病抗性表现为显著或极显著相关。因此，石榴抗病基因遗传背景复杂。 对8个果实性状共进行28对相关性分析，结果表明，12对(41.86%)性状相关系数表现出显著或极显著相关。果型指数(纵径/横径)越大，果皮越薄，百粒重越大，河阴石榴树苗，果实可溶性糖、Vc含量越高，总酸含量越低，核硬度越软。因此，软籽石榴树苗价格，在生产中选择果型指数大(果型高桩)，出售石榴树苗，果皮薄，可溶性糖与Vc含量高，总酸含量低，石榴树苗，核软等综合性状优良的石榴品种是切实可行的。 通过对12个类型共67个品种8个果实性状的主成分分析，提出了石榴优种选择的5个重要主成分，这5个主成分代表了供试性状82.38%的综合信息。因此，应用此方法中的主成分作为石榴优种选择标准，较应用单一性状加权打分选择相比，可大化的降低性状间的相关性对选择效果的影响，具有更高的准确性和科学性。 通过综合分析各石榴品种的性状指标选择、抗裂、抗病优良品种，我们认为，‘净皮甜’类型中的‘临研23号’以及‘大红酸’类型(‘临研29号’、‘临研38号’)表现出、抗裂、抗病等综合优良性状，建议在生产中推广利用。 从形态指标及抗性指标来看，石榴各品种在枝叶形态、果实、裂果抗性和干腐病抗性指标上均表现出了丰富的多样性。通过AFLP分子标记分析发现，平均多态性位点百分率为54.28%，表现出较高的多样性。 通过枝叶形态指标、果实指标聚类分析来看，这些指标的聚类结果与生产上的品系归类不尽一致。分子水平的亲缘关系分析与采用形态指标进行的亲缘关系分析结果也有很大出入。本研究利用AFLP获得的分子亲缘关系图谱为石榴杂交亲本选配提供了理论依据。
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