灭菌常用的方法有化学试剂灭菌、射线灭菌、干热灭菌、湿热灭菌和过滤等。可根据不同的需求，采用不同的方法，如培养基灭菌一般采用湿热灭菌，空气则采用过滤。热灭菌法热灭菌法利用高温使微生物细胞内的一切蛋白质变性，酶活性消失，致使细胞。通常有干热、湿热和间歇加热灭菌等法。
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巴氏灭菌还用于果酱、糖水水果罐头、啤酒、酸渍蔬菜类罐头、酱菜等的灭菌。巴氏灭菌对于密封的酸性食品具有可靠的耐酸性，对于那些不耐高湿处理的低酸性食品，只要不影响消费习惯，常利用加酸或借助于微生物发酵产酸的手段，使pH 值降至酸性食品的范围，可以利用低温灭菌达到保存食品和耐贮藏的目的。此法所需时间较长，对热敏性食品不宜采用。(2)高温短时灭菌(HTST)：灭菌条件为85 摄氏度～90 摄氏度/3 分钟～5 分钟，或95 摄氏度/12 分液料加热到接近100 摄氏度，然后速冷至室温。此方法需时较短，效果较好，有利于产品保质。主要可杀灭酵母菌、霉菌、乳酸菌等。这两种方法具有灭菌效果稳定，操作简单，设备投资小，应用历史悠久等特点，如今还广泛用于各类罐藏食品、饮料、酒类、药品、乳品包装的灭菌。
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灭菌，可称为除去或杀灭物质中全部微生物。就一般灭菌方法来说，应根据微生物的种类、污染状况、被污染物品的性质与状态，对下述灭菌方法可单独或合并使用。是否达到灭菌的目的，通常情况下要采用无菌试验法进行判定。对灭菌操作时的温度、压力等是否适合灭菌的条件，必须得到十分的确认。在灭菌条件选定后，还要进行灭菌效果的确认，以保证使用的各种灭菌条件适合于要杀灭的目标菌。
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