根据物品上污染微生物的种类、数量选择消毒或灭菌的方法：1) 对收到致病菌芽孢、分枝和经学传播病原体污染的物品，应采用高水平消毒或灭菌；2）对受到、亲水病毒、螺旋体、支原体、衣原体等病原微生物污染的物品，应采取中水平以上的消毒方法；3）对受到一般细菌和亲脂病毒等污染的物品，改造杀菌机生产厂家，应采用达到中水平或低水平的消毒方法；4）杀灭被有机物保护的微生物时，改造杀菌机工作原理，应加大的使用剂量和/或延长消毒时间；5）消毒物品上微生物污染特别严重时，应加大的使用剂量和/或延长消毒时间；
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巴氏灭菌还用于果酱、糖水水果罐头、啤酒、酸渍蔬菜类罐头、酱菜等的灭菌。巴氏灭菌对于密封的酸性食品具有可靠的耐酸性，对于那些不耐高湿处理的低酸性食品，改造杀菌机多少钱，只要不影响消费习惯，常利用加酸或借助于微生物发酵产酸的手段，改造杀菌机，使pH 值降至酸性食品的范围，可以利用低温灭菌达到保存食品和耐贮藏的目的。此法所需时间较长，对热敏性食品不宜采用。(2)高温短时灭菌(HTST)：灭菌条件为85 摄氏度～90 摄氏度/3 分钟～5 分钟，或95 摄氏度/12 分液料加热到接近100 摄氏度，然后速冷至室温。此方法需时较短，效果较好，有利于产品保质。主要可杀灭酵母菌、霉菌、乳酸菌等。这两种方法具有灭菌效果稳定，操作简单，设备投资小，应用历史悠久等特点，如今还广泛用于各类罐藏食品、饮料、酒类、药品、乳品包装的灭菌。
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在高压下，会使蛋白质和酶发生变性，微生物细胞核膜被压成许多小碎片和原生质等一起变成糊状，这种不可逆的变化即可造成微生物。微生物的遵循一级反应动力学。对于大多数非芽孢微生物，在室温、450MPa 压力下的灭菌效果良好。芽孢菌孢子耐压，灭菌时需要更高的压力，而且往往要结合加热等其他处理才更有效。温度、介质等对食品超高压灭菌的模式和效果影响很大。间歇性重复高压处理是耐压芽孢的良好方法。日本开发出的超高压灭菌机，操作压力达304MPa～507MPa。超高压灭菌的优越性在于它对食品中的风味物质、维生素C、色索等没有影响，营养成分损失很少，特别适用于果汁、果酱类、肉类等食品的灭菌，此外，采用300MPa～400MPa 的超高压对肉类灭菌时还可使肌纤维断裂而提高肉类食品的嫩度。
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