有机质谱仪基本工作原理：以电子轰击或其他的方式使被测物质离子化，形成各种质荷比（m/e）的离子，然后利用电磁学原理使离子按不同的质荷比分离并测量各种离子的强度，质谱仪厂家报价，从而确定被测物质的分子量和结构。由于化合物有着像指纹一样的质谱，质谱仪在工业生产中也得到广泛应用。质谱仪又称质谱计。分离和检测不同同位素的仪器。即根据带电粒子在电磁场中能够偏转的原理，按物质原子、分子或分子碎片的质量差异进行分离和检测物质组成的一类仪器。
质谱仪能用高能电子流等轰击样品分子，使该分子失去电子变为带正电荷的分子离子和碎片离子。这些不同离子具有不同的质量，质量不同的离子在磁场的作用下到达检测器的时间不同，其结果为质谱图。质谱分析是先将物质离子化，按离子的质荷比分离，然后测量各种离子谱峰的强度而实现分析目的一种分析方法。无机质谱仪与有机质谱仪工作原理不同的是物质离子化的方式不一样，无机质谱仪是以电感耦合高频放电 (ICP)或其他的方式使被测物质离子化。
质谱根据离子化方法分类：基质辅助激光解析电离（MALDI，激光照样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光吸收能量传给生物大分子，电离生物分子将质子转到生物分子或从生物分子得到质子.TOF原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，质核比与其飞行时间成正比。作图时浓度为纵坐标质核比为横坐标。用胰蛋白酶处理时主切Lys和Arg，Arg灵敏）、电喷雾电离（ESI， 使大质量有机分子离子化，有小分子带电残基机制和大电子离子蒸发机制。
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