质谱方法还可用于有机化学分析，特别是微量杂质分析，测量分子的分子量，为确定化合物的分子式和分子结构提供可靠的依据。无机质谱仪与有机质谱仪工作原理不同的是物质离子化的方式不一样，无机质谱仪是以电感耦合高频放电 (ICP)或其他的方式使被测物质离子化。质谱仪按应用范围分为同位素质谱仪、无机质谱仪和有机质谱仪。按分辨本领分为高分辨、中分辨和低分辨质谱仪；按工作原理分为静态仪器和动态仪器。
质谱根据离子化方法分类：基质辅助激光解析电离（MALDI，激光照样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光吸收能量传给生物大分子，质谱仪多少钱一台，电离生物分子将质子转到生物分子或从生物分子得到质子.TOF原理是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测，质核比与其飞行时间成正比。作图时浓度为纵坐标质核比为横坐标。用胰蛋白酶处理时主切Lys和Arg，Arg灵敏）、电喷雾电离（ESI， 使大质量有机分子离子化，有小分子带电残基机制和大电子离子蒸发机制。
质谱仪的性能指标是它的分辨率，如果质谱仪恰能分辨质量m和m+Δm，分辨率定义为m/Δm。现代质谱仪的分辨率达 105 ～106 量级，可测量原子质量到小数点后7位数字。质谱仪真空泵的保养方法，检查和清洁前置真空泵入口过滤器，旋开入口转接器，取下‘O’ ring，弹性挡圈和入口过滤器。质谱仪以离子源、质量分析器和离子检测器为。离子源是使试样分子在高真空条件下离子化的装置。
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