其过程可用化学方程式简单表示如下：
NaClO + H2O ＝ HClO + NaO
HClO → HCl + [O]
其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸
分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等发生氧化反应或破坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死去，从而杀了病原微生物。
R-NH-R + HClO → R2NCl+ H2O （细菌蛋白质）
次氯酸那的浓度越高，杀菌作用越强。
同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使其细胞丧失活性而死去。
据有关研究，二氧化氯对细菌的细胞壁有较强的吸附和穿透能力，从而有效破坏细菌内含巯基的酶，兽用消毒粉生产，可控制微生物蛋白质的合成，故二氧化氯对细菌、病毒 等有很强的灭活能力。二氧化氯不与氨反应，故氨氮含量高的水采用二氧化氯消毒仍可保持其全部杀菌能力。这些细菌除一般细菌外，兽用消毒粉直销，还有包括大肠干菌、异细菌、 铁细菌、硫酸盐还原菌、脊髓灰质炎菌病毒、肝的病毒、兰伯氏贾第虫胞囊、尖刺贾第虫胞囊等。
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