洁净厂房内的生产用水系统可按生产线的数量，十万级gmp净化车间，分别布置，建议每条生产线给水系统的起端均设置检修阀门及计量水表，以便检修和成本核算。考虑到洁净厂房中的生产工艺技术发展迅速，产品升级换代快，生产工艺变化多等特点，在管道设计中应留有充分的余量。在实在无法做套管的部位，必须采取严格的密封措施，主要的密封方法有微孔海绵、有机硅橡胶、橡胶圈及环氧树脂冷胶等。
建议洁净厂房给水管材采用聚烯(PP)管或不锈钢管。连续排水温度高于80℃时，采用排水铸铁管，但应注意防腐处理。排水管材的选择，应针对排水的水质特点选用。洁净厂房内管道的敷设方式直接影响洁净室的空气洁净度，因此管道应尽量在洁净室外。目前净化工程行业涉及如下：医院器械：医院设备、手术室；涂装涂料：纳米功能涂料、建筑涂料涂装、喷涂车间、家具烤漆房。
洁净厂房在连续排水温度40℃时，选用聚氯乙(UPVC)排水管，该管材具有化学稳定性强，水力性能好的优点。净化工程行业涉及如下：微电子、日用化妆品、印刷包装、光学光电、化学、生物制药、医院器械、洁净手术室、航空航天、涂装涂料、古董库房。洁净厂房的生产给水管传统的管材，一般采用镀锌钢管，考虑到洁净环境下，所选管材应有较好的化学稳定性，以保证水质在输送过程中下降小。
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