设计净化系统组织的原则是相邻二级过滤器的效率不能太接近，也不能相差太大。一般采用初效、中效、亚(或)三级过滤器。也可分四级，增加一级过滤器。排风系统有一般排风系统、有机气体排风系统、酸性气体排风系统、碱性气体排风系统等，净化车间设计时，要根据实际情况选择。净化工程在设计时，无论是新建还是重新改造的净化车间，都一定依照相关标准、规范进行。
1级：尘埃易使芯片失效或者稳定性下降，当金属尘埃落于集成电路上时，就可能造成短路。当空气中的酸性离子落在电路上时，可能将电路腐蚀，因此净化空调系统对微电子工业而言至关重要。此外，液晶、光纤的生产也需要1级洁净度的要求。布置工艺的流程尽可能短，减少交叉往复，、物流走向合理。要配备人员净化室、物料净化室，除配备产品工序要求的用室外，还应配备洁具室、洗衣间、暂存室等，每间用室相互，净化工程的面积应在保证基本要求前提下，与生产规模相适应。直径100 um的硅片，温度上升1度，就引起了0.24um线性膨胀，所以必须有±0.1度的恒温，同时要求湿度值一般较低，因为人出汗以后，对产品将有污染，特别是怕钠的半导体车间，这种车间不宜超过25度。
净化工程的等级划分比较的严格，一般按照7个等级进行的划分，分别是1级，10级，100级，1000级，10000级，100000，1000000级，净化无尘车间，净化安全要求是根据等级来实施的，净化工程等级数越小，级别是越高的，其含尘量越少，排名是靠前的。100级：是常用的净化工程，除了对空气中的尘埃数有要求，对空气中细菌的浓度也有明确要求。一般用于医药行业进行无菌制造，例如制造临床用于植入体内的物品，药品生产。医学科学实验也在此环境中，包括实验动物饲养环境。布置工艺的流程尽可能短，减少交叉往复，、物流走向合理。要配备人员净化室、物料净化室，除配备产品工序要求的用室外，还应配备洁具室、洗衣间、暂存室等，每间用室相互独立，净化工程的面积应在保证基本要求前提下，与生产规模相适应。
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