转录组测序
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的RNA的总和,是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是,转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下,基因检测怎么做,其基因表达情况是不相同的。转录组测序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序,地获取某一物种特定qi官或组织在某一状态下的转录本。相对于传统芯片而言,RNA-Seq无需预先设计探针,即可对物种的细胞类型的转录组进行检测,能够提供较的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的良好工具。

3、参数设置
使用488nm激发波长,525nm发射波长,实时或逐时间点检测刺激前后荧光的强弱。DCF的荧光光谱和FITC非常相似,可以用FITC的参数设置检测DCF。DCF的激发光谱和发射光谱参考下图。
4、其它说明
阳性对照可以按照1:1000的比例使用。例如装载好探针的细胞共1毫升,可以加入1微升的阳性对照刺激。通常刺激后20-30分钟内可以观察到非常显著的活性氧水平升高。对于不同的细胞,活性氧阳性对照的效果可能有较大的差别。如果在刺激后30分钟内观察不到活性氧的升高,可以适当提高活性氧阳性对照的浓度。如果活性氧升高得过快,可以适当降低活性氧阳性对照的浓度。
另外,对于某些细胞,如果发现没有刺激的阴性对照细胞荧光也比较强,实时荧光定量pcr,可以按照1:2000-1:5000稀释DCFH-DA,使装载探针时DCFH-DA的浓度为2-5微摩尔/升。探针装载的时间也可以根据情况在15-60分钟内适当进行调整。

染色质免l疫共沉淀技术(ChIP)
基于体内分析而发展的染色质免l疫沉淀分析Chr omat in immunoprecipitat ionassay kit, ChIP)技术可以真实、完整地反映结合在DNA序列上的调控蛋白。由于ChIP采用甲醛固定活l细胞或者组织的方法,pcr检测,因此能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。近年来,这种技术得到不断的发展和完善。采用结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性,是深入分析癌l症、心血l管病以及神经系统紊乱等疾病主要通路的一-种非常有效的工具。
染色质免l疫沉淀分析(ChIP) 的基本原理是在活l细胞状态下,当用甲醛处理时,相互靠近的蛋白与蛋白、蛋白与核酸(DNA或RNA)之间会产生共价键。细胞内,当F与Promoter相互结合时,它们必然靠的比较近或者契合在一起,这个时候用甲醛处理,能使它们之间产生共价键。固定的蛋白质DNA复合物通过超声或酶处理将其随机切断为-定长度范围内的染色质小片段然后通过抗原抗l体的特异性识别反应沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNAl片段,绵阳pcr,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。通过qPCR或二代测序,筛选与目的蛋白互作的未知DNA信息。

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