RNA原位核酸杂交又称RNA原位杂交组织化学或RNA原位杂交。该技术是指运用cRNA或寡核苷酸等探针检测细胞和组织内RNA表达的一种原位杂交技术。其基本原理是：在细胞或组织结构保持不变的条件下，用标记的已知的RNA核苷酸片段，动物组织原位杂交，按核酸杂交中碱基配对原则，GISH，与待测细胞或组织中相应的基因片段相结合(杂交)，所形成的杂交体(Hybrids)经显色反应后在光学显微镜或电子显微镜下观察其细胞内相应的mRNA、rRNA和tRNA分子。RNA原位杂交技术经不断改进，其应用的领域已远超出DNA原位杂交技术。尤其在基因分析和诊断方面能作定性、定位和定量分析，已成为有效的分子病理学技术，同时在分析低丰度和罕见的mRNA表达方面已展示了分子生物学的一重要方向。
植物原位杂交的应用包括：
研究基因表达：通过观察荧光信号的位置和数量，可以确定目标基因在植物组织中的表达模式和位置。
染色体定位：将目标基因与染色体中的特定位置进行比较，可以确定目标基因在染色体中的位置和分布。
基因：通过原位杂交技术，可以确定目标基因的序列和位置，原位杂交，为基因提供重要的参考信息。
检测物种或品种特异性：通过原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，荧光原位杂交，从而为物种或品种特异性研究提供依据。
遗传育种：通过原位杂交技术可以检测出不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。
植物组织原位杂交技术在植物基因表达和调控研究中具有广泛的应用。它可以用来研究植物发育、生长、逆境响应等方面的基因表达模式和调控机制。例如，可以利用该技术研究植物中的转录因子、信号转导通路、代谢途径等基因的表达和调控。此外，植物组织原位杂交技术还可以用来鉴定植物中的病原体、检测植物等方面。
总之植物组织原位杂交技术是一种重要的分子生物学技术，可以用来研究植物基因的表达和调控。它具有操作简便、结果可靠、应用广泛等优点，是植物分子生物学研究中不可或缺的工具。
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