FISH技术的基本步骤包括探针制备、样品预处理、探针与样品的杂交、信号检测和图像分析等。在探针制备过程中，使用荧光标记物代替同位素标记物来标记探针。在样品预处理过程中，细胞或组织的固定、裂解和去除非特异性蛋白质等操作都是必要的，原位杂交检测，以提高探针与目标序列的亲和力和特异性。在探针与样品的杂交过程中，荧光原位杂交，探针与样品中的目标序列进行互补性杂交，形成可检测的荧光信号。在信号检测和图像分析过程中，使用高灵敏度荧光显微镜检测荧光信号并获取高分辨率的细胞图像。
原位杂交（In situ hybridazation）
固定
收集斑马鱼的胚胎，在Holfretor水中培养，到达所需要的发育时期时，用蛋白酶去除卵膜，用4%多聚甲醛固定，原位杂交技术咨询，在4℃保存，二十四小时后用50%2%多聚甲醛溶液洗，然后换成，在-20C 保存，待用(两天和两天以上的胚胎需要用处理，去除色素。或者使用苯锍脲稀溶液培养，可阻断色素的形成)
植物原位杂交的应用包括：
研究基因表达：通过观察荧光信号的位置和数量，可以确定目标基因在植物组织中的表达模式和位置。
染色体定位：将目标基因与染色体中的特定位置进行比较，可以确定目标基因在染色体中的位置和分布。
基因：通过原位杂交技术，原位杂交，可以确定目标基因的序列和位置，为基因提供重要的参考信息。
检测物种或品种特异性：通过原位杂交技术可以检测出不同物种或品种之间基因表达的差异，从而为物种或品种特异性研究提供依据。
遗传育种：通过原位杂交技术可以检测出不同品种之间基因表达的差异，从而为遗传育种提供重要的参考信息。
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