在骨组织研究领域，Micro CT可以很好地研究骨结构和骨密度的数量性指标及微细改变，可指导组织工程、基因工程等科学研究，已逐渐发展为可加强甚至代替组织学分析的一种成熟的技术。骨质疏松是由于多种原因导致的骨密度和骨质量下降，骨微结构破坏，造成骨脆性增加，从而容易发生骨折的全身性骨病。为更好地分析骨质疏松产生的原因，研究治1疗骨质疏松的方法，研究者们通常使用小动物模型来进行药1物疗1效和病理的相关研究。
光线跟踪 在医学图像显示过程中，通常采用阴影和光线来加强表现三维图像中物体的立体感，常见的光线应用方法是光线跟踪法（ray tracing）。
灰阶 灰阶（gray level/scale)是根据像素的CT值在图像上显示的一段不同亮度的信号，把从白色到黑色之间的灰度分成若干等级，则称为灰阶或灰度级。人眼一般只能识别40级左右连续的灰阶，而组织密度灰阶差要大得多.在CT图像显示技术中，常通过窗口技术对窗宽、窗位进行调节，以适应视觉的范围。
在啮齿动物中，BAT（Brown Adie Tissue，棕色脂肪）是一个新陈代谢组织。不同于白色脂肪，棕色脂肪因含有丰富的血管和大量的线粒体，而呈现棕红色的外观，可以在寒冷或饥饿环境下分解线粒体、为生物体提供能量。长久以来，棕色脂肪被认为只存在于小型哺乳动物和婴幼儿中，而近期的研究发现，棕色脂肪同样存在于成人体内，uCT肺部，并在能量平衡调节方面发挥重要的功能。由此，棕色脂肪在能量代谢相关疾病如肥胖、Ⅱ型以及代谢紊乱等领域显示出巨大的应用潜能，关于棕色脂肪的功能和应用也迅速成为一个新的研究热点
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