输出一与离子流相关的数字信号。它与模拟检测器相比，更不容易受背景噪声的影响；而且不需过滤信号。
在不同浓度点的重复性非常好。比如在1～100 fg/uL的极低浓度下，如果用模拟检测器，精密度很差，CV甚至达到40％，AB 5500串联液质设备怎么样，而用了脉冲离子计数器，CV总在3％以下。所以，脉冲离子计数器不仅非常灵敏度，同时还具有极高的精密度。
HPLC-MS除了可以分析气相色谱-质谱（GC-MS）所不能分析的强极性、难挥发、热不稳定性的化合物之外，还具有以下几个方面的优点：①分析范围广，MS几乎可以检测所有的化合物，比较容易地解决了分析热不稳定化合物的难题；②分离能力强，即使被分析混合物在色谱上没有完全分离开，但通过MS的特征离子质量色谱图也能分别给出它们各自的色谱图来进行定性定量；③定性分析结果可靠，可以同时给出每一个组分的分子量和丰富的结构信息；
线性速度、流速、耐压范围，工作效率更高 高流速和高通量获得理想分离度和灵敏度 节省每个样品分析时间和支出，并大大改善结果 使用沃特世亚二微米杂化颗粒填料色谱柱获得柱效。 [1] 主要功能编辑 播报以液相色谱作为分离系统，质谱为检测系统。样品在质谱部分和流动相分离，被离子化后，经质谱的质量分析器将离子碎片按质量数分开，经检测器得到质谱图。
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