染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的核酸探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 DNA 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3H、35S、32P），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，FISH）技术。
滴加FITC-TSA：滴加FITC-TSA试剂，避光室温反应5min。后TBST洗3次×10min，PBS洗1次×5min。
DAPI复染核：切片滴加DAPI染液，避光孵育8min，冲洗后滴加抗荧光淬灭封片1剂封片。
镜检拍照：切片于尼康正置荧光显微镜下观察并采集图像。（紫外激发波长330-380nm，发射波长420nm，发蓝光；FAM(488)绿光激发波长465-495nm，发射波长515-555 nm，发绿光；CY3红光激发波长510-560，发射波长590nm，发红光。）
原位杂交的应用范围：
①细胞特异性mRNA转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；
②感1染组织中病毒DNA/RNA的检测和定位，如EB病毒mRNA、人类乳1头状瘤1病毒和巨细胞病毒DNA的检测；
③癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；
④基因在染色体上的定位；
⑤检测染色体的变化，染色体原位杂交检测服务，如染色体数量异常和染色体易位等；
⑥分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些肿1瘤的诊断和生物学剂量测定等。
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