人们发现益生元只有30多年的时间。1983年日本人发现功能性低聚糖不能被人体消化却能被肠道内细菌选择性利用的特性后，同年，明治药业就实现了功能性低聚糖的工业化生产，1989年就出现了一款含有益生元的饮料，并且迅速日本。我国自1990年以来，低聚异麦芽糖、低聚果糖、低聚半乳糖等功能性低聚糖相继开发生产。
1997年，年产3 000 t纯度为50%液体低聚果糖生产线在云南
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人们发现益生元只有30多年的时间。1983年日本人发现功能性低聚糖不能被人体消化却能被肠道内细菌选择性利用的特性后，同年，明治药业就实现了功能性低聚糖的工业化生产，1989年就出现了一款含有益生元的饮料，并且迅速日本。我国自1990年以来，低聚异麦芽糖、低聚果糖、低聚半乳糖等功能性低聚糖相继开发生产。
1997年，年产3 000 t纯度为50%液体低聚果糖生产线在云南投产，这是我国个工业化生产的益生元产品。经过十几年的发展，特别是以公众营养改善益生元项目启动为标志，我国的益生元产业进入高速发展期。
益生元泛指一些不被宿主消化吸收却能有选择性地促进其体内双歧等有益菌的生长和繁殖，从而改善宿主健康的有机物质，包括有功能性低聚糖类（如低聚果糖、低聚木糖、低聚半乳糖、低聚异麦芽糖等）、多糖类（现阶段所发现的微藻如螺旋藻、节旋藻等）、一些天然植物（如蔬菜、中草药、植物等）的提取物、蛋白质水解物、多元醇等。功能性低聚糖是常见的益生元。
调节脂肪代谢。益生元还可以影响脂肪代谢。对大鼠所做的实验表明，使用低聚木糖代替饲料中的糖后，病鼠胆固醇和甘油三酯下降。同样对于FOS做了实验，由实验结果可以看出降低。
益生元在体内被有益菌发酵生成短链脂肪酸，如醋酸、丙酸、丁酸、乳酸等，这些有机酸类物质能使肠道内pH值和氨的浓度降低，有效抑制肠道产物的生成， 并促进肠道蠕动而促进排便，还可以改善脂质代谢。
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