根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。主要采用的工艺有三种：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
通常采用物化+生化方法处理，主要工艺有： 絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+深度氧化(生化)+消毒---达标排放絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+MBR(生化)+消毒--->达标排放物化：主要是让微生物无法分解的有害沉淀，将絮凝剂、混凝剂
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根据医院的规模、性质和处理污水排放去向，进行工艺选择。主要采用的工艺有三种：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
通常采用物化+生化方法处理，主要工艺有： 絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+深度氧化(生化)+消毒---达标排放絮凝沉淀(物化)+水解酸化(生化)+MBR(生化)+消毒--->达标排放物化：主要是让微生物无法分解的有害沉淀，将絮凝剂、混凝剂等化学药剂加入污水，将有害物转移至污泥，通过处理污泥达到目的。当污水排放到无集中污水处理厂的城镇排水系统或地面水域，需对污水生物性、理化性污染及有毒有害物处理，采用二级处理方式。生化：是人类发现自然界水体中的微生物对有机物的分解能力。
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乡镇卫生院污水处理设备这些污水中含有大量病菌、病毒和卵，它们在环境中具有一定的适应力，有的甚至在污水中存活时间还较长，若这种污水直接排放，将会污染采纳水体；
污水中有机类杂质较多， CODcr 、BOD5均较高，且BOD5/CODcr之值大于0.4，生化性能较好。宜采用以生化为主的工艺处理流程，因污水量较大，生化处理采用地埋式一体化生物反应污水处理设备。好氧池空气由风机或曝气机提供，池内采用新型生物填料，该填料表面积比大，使用寿命长，易挂膜，耐腐蚀，同时有重量轻，不易老化，不易堵塞等优点。在进生化装置前，尽可能在预处理阶段将生活污水中飘浮和大颗粒悬浮杂质去除，后进入污水调节池，以防止对污水提升泵造成不利影响。
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医院污水处理方法和工艺流程是根据处理对象而确定的，其处理对象有悬浮物、飘浮物、有机物、性同位素、病菌、病毒、酸碱等。
一般均在病房出口处设置化粪池。污水进入化粪池后，其中比重较大的污染物在池中沉淀分离，发酵消化。在沉降过程中也夹杂一些病毒病菌随之沉降，故污泥也应作相应处理；
医院污水的有机物一般小于城市污水， BOD5 多在 100 毫克 / 升左右。可以利用水体本身的自净能力将其消化。但如果直接排入要求较高的地表水体、风景区等时，则对其有机物要进行处理，一般多采用生物处理法。
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