益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同，关键区别在于益生元作用于本已存在于肠内的菌群，而益生菌是外部添加的细菌。益生元以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低pH促进双歧等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。在胃部强酸性的环境下，外来细菌的存活性会受到考验，因为只有活着进人胃肠道的有益菌才能发挥功效，有的益生菌株不能经受胃酸（强酸环境）和肠液（碱性
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益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但影响的方式完全不同，关键区别在于益生元作用于本已存在于肠内的菌群，而益生菌是外部添加的细菌。益生元以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低pH促进双歧等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。在胃部强酸性的环境下，外来细菌的存活性会受到考验，因为只有活着进人胃肠道的有益菌才能发挥功效，有的益生菌株不能经受胃酸（强酸环境）和肠液（碱性环境）的腐蚀，而益生元不是生物，所以不存在存活率的问题。
2009年11月1日《低聚果糖》正式实施，这是我国益生元产品的个，标准的实施明确了低聚果糖的法律地位，规范了企业的生产和经营，激发了上下游企业的生产和使用的热情，以低聚果糖为代表的益生元产品在我国将得到越来越广泛的使用。
人们为了维持肠道菌群的微生态平衡，可以采取补充益生菌或补充益生元的方式，而益生菌存在着活力不容易保持（通过消化道时已被破坏掉）、在胃肠道定殖能力差、停留时间短等缺点。益生元克服了这些缺点，成为肠道微生态平衡调节剂的。
微藻中类胡萝卜素含量很高，具有着色和营养的作用，也可利用微藻为原料生产维生素、食用色素等食品添加剂或从中提取藻蓝素、叶绿素、虾青素、类胡萝I、素等食用色素。近年来，还从微藻中研究开发了EPA、DHA等多不饱和脂肪酸及多糖等保健功能的食品添加剂。螺旋藻等一些微藻类益生元进入机体后可被选择性吸收，增加双歧数，增强机体能力。正因为如此，它已被联合国粮农组织推荐为“21世纪人类理想的”。
益生菌腹泻
肠内菌群失调是引起腹泻的主要原因之一。益生菌可以通过调节肠道微生态的平衡，创造出一个不利于有害病毒和细菌存在的环境，来预防和性腹泻。
益生菌产生、和乳酸等有机酸能降低肠道pH值和氧化还原电位；产生、细菌素、生物表面活性物质等物质，对病原微生物的黏附生长有抑制作用；益生菌与肠黏膜上皮细胞形成的紧密结合形成微生物膜，防止了致病菌的黏附定植。
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