机械清洗虽然比较方便，省时省力，单纯的机械清洗达不到理想的清洗效果。某些管道、精密仪器和较难清洗部位必须手工清洗，机械清洗不能全部代替手工清洗。由于内窥镜结构中包含多个小而长的开放通道，为微生物、分泌物和血液的残存与提供了环境。研究结果表明，手工清洗结合机械清洗的效果优于单独手工清洗，超声波清洗和自动清洗机清洗。在实际工作中，只有将手工清洗和机械清洗
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机械清洗虽然比较方便，省时省力，单纯的机械清洗达不到理想的清洗效果。某些管道、精密仪器和较难清洗部位必须手工清洗，机械清洗不能全部代替手工清洗。由于内窥镜结构中包含多个小而长的开放通道，为微生物、分泌物和血液的残存与提供了环境。研究结果表明，手工清洗结合机械清洗的效果优于单独手工清洗，超声波清洗和自动清洗机清洗。在实际工作中，只有将手工清洗和机械清洗有机结合起来，才能充分发挥清洗效果，提高器械的清洗质量。
随着社会的进步,水平的不断提高,医院消毒供应中心(CSSD)作为医院内的重点,负责着医院内所有可重复使用的清洗、消毒、灭菌等工作,其工作质量的好坏与患者的生命健康、医院内及护理质量有着密切的关系。若与尖锐器械或物品一同清洗，或者清洗槽有锐利的棱角都有可能将内镜划破，导致漏水。因此,CSSD对的清洗消毒管理在医院安全管理中具有重要作用。
灭菌前的完全清洗是保证消毒灭菌成功的关键。正确的清洗方法、规范的清洗流程、清洗设备的合理使用不仅能够保证器械洁净,而且为灭菌器械提供无菌保障。要取得良好的清洗效果就必须注重流程的细节及方法。
消毒灭菌是消灭腔镜器械上的所有微生物，常见的物理灭菌方法有高温、紫外线、电离辐射。有文章报道，碱性清洗剂的手工清洗效果要好于多酶，也有文章报道说多酶清洗剂好于碱性清洗剂，众说纷云，这个问题在SIFIC论坛上引发了一场《手工清洗时碱性清洗剂一定比多酶清洗剂效果好吗。对于手术器械的消毒灭菌，通常以高温为主，电离辐射通常用于和一次性用品的消毒灭菌，而紫外线主要用来杀灭悬浮在空气中或物体表面的微生物，如手术台、手术室、ICU等。对于特殊的手术器械，如刀片、缝合器、刀片等，可使用化学消毒液进行消毒，另外，还可用于皮肤消毒、内镜消毒，但大部分化学消毒液会损害人体组织，只是这种损害程度较轻。
打弯的角度要合适。在手持或者清洗的时候打弯角度不要太小，否则易造成内镜内部折叠变形；在附件插入时也不宜打弯角度过小，蛮力塞入容易导致内部管道损伤。
6、推荐使用具有生物膜去除能力的清洗剂。研究表明软式内镜的管道结构复杂且不容易做到干燥，是生物膜滋生的场所。使用针对生物膜的清洗剂能够有效降低生物膜的挑战。
7、清洗刷要一用一换。防止将清洗上一条内镜时裹挟的污物带到下一次内镜清洗中造成。
8、清洗、漂洗流程。清洗、漂洗过程中使用的内镜擦拭布应一用一更换，清洗液（多酶洗液）也应每清洗一条内镜后及时更换。
9、可复用的内镜附件处理方法。可复用的内镜附件使用消毒剂消毒后，应采用纯化水或无菌水漂洗干净，干燥备用，而不是自来水。
10、使用说明。不同种类的内镜，或者相同种类但由不同厂商生产的内镜，其使用消毒或者灭菌方式可能不同。应购买后、使用前仔细阅读厂商说明书。
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