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发酵饲料质量评定包括营养性、安全性和饲养价值这三个主要方面。要生产出质量佳且安全的饲料，需要对发酵这种多维过程进行适当的控制。在不适当或不受控制的发酵条件下，会损害饲料的卫生质量和营养价值。有害菌检测包括肠科和霉菌，其标准应规定。乳酸、和乙醇等含量不宜过高，以避免对终产品的适口性和酸产生影响。

生产中常用的益生菌分为三类：一类是乳酸菌。它是指以乳酸为主要产物的革兰氏阳性菌。按其代谢模式可分为双歧、同型发酵乳酸菌、兼性异型发酵乳酸菌以及专性异型发酵乳酸菌。应用类型有乳酸双歧、干酪乳、发酵乳、植物乳、罗伊氏乳。第二类是芽孢。芽孢是革兰氏阳性菌，能形成孢子，是传统发酵豆制品的重要菌株，能分泌多种水解酶，包括多糖酶、蛋白酶及核酸酶,能有效利用非淀粉多糖和寡糖,有效降解大豆等饲料原料中的抗营养因子。生产中应用的主要为枯草芽孢和地衣芽孢。第三类为酵母菌。酵母菌属兼性好氧菌，在好氧条件下进行好氧呼吸能将有机物完全氧化成二氧化碳、水，而在缺氧条件下将糖发酵成乙醇。酵母菌可产生氧化还原酶、脂肪酶蛋白酶、内源糖苷酶、木聚糖酶、内源葡聚糖酶、脱氢酶、脱羧酶、磷酸酶等。

发酵饲料对肠道黏膜反应的作用

肠上皮细胞在黏膜反应的启动中起着重要作用，因为它们是抵御病原体和到达肠腔的有毒物质的一道防线。肠粘膜上皮细胞的功能完整性取决于粘液层、细胞间紧密连接、上皮细胞和宿主适应性反应的协调调节。覆盖胃肠道的粘液层是宿主防御的前线，主要是由于肠道杯状细胞的分泌产物。不同黏膜结构共同保障肠道功能的发挥。仔猪断奶时饮食和环境等的变化会促进肠道炎，发炎的肠道也为肠菌科的扩张提供了有利的环境。