与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。
与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用
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与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。
与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
作物施用生物有机肥后， 其中的发酵菌和功能菌大量繁殖， 对改良土壤、促进作物生长、减轻作物病害具有显著效果。主要原因在于：一、肥料中的有益微生物会在土壤中大量定殖形成优势种群， 抑制其他有害微生物的生长繁殖，甚至对部分病原微生物产生拮抗作用，以减少其侵染作物根际的机会。
二、功能菌发挥功效增进土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素来源；施用含解磷、解钾微生物的肥料，其中的微生物可以将土壤中难溶的磷、钾分解出来，以便作物吸收利用。
三、肥料中的许多微生物菌在生长繁殖过程中会产生对作物有益的代谢产物，能够刺激作物生长，增强作物的抗病抗逆能力。
生物有机肥是指特定功用微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处置、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。那么施用生物有机肥需求留意哪些问题呢？选用质量合格的微生物肥料。质量低下、有效活菌数达不到规则指标、杂菌含量高或已过有效期的产品不能施用。施用时尽量减少肥料中微生物的死去。应防止阳光直射菌肥，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立刻覆土。普通菌肥不可与有害的药、化肥混合施用。
其次、生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。单一化肥因其成分单一，且酸碱水平不同，假如大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因而，生物有机肥单独施用。 另外、生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可防止。即便补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的缘由，很难发挥作用。
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