在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，生物有机肥明显提高了果品。内在上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气；从外在看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明，施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子，可溶性糖含量增加1.0%，可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实
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在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，生物有机肥明显提高了果品。内在上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气；从外在看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明，施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子，可溶性糖含量增加1.0%，可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实糖度达到14.39；显着改善了富士苹果果实的香气，挥发性物质多13个成分，含量多5.7个百分点。
与农家肥相比，生物有机肥的根本优势在于： 生物有机肥中的功能菌对提高土壤肥力、促进作物生长具有特定功效，而农家肥属自然发酵生成，不具备优势功能菌的特别的效。
与生物菌肥相比，生物有机肥包含功能菌和有机质，有机质除了能改良土壤，其本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后功能菌容易定殖并发挥作用； 而生物菌肥只含有功能菌， 且其中的功能菌可能不适合有的土壤环境，无法存活或发挥作用。另一方面，生物有机肥比生物菌肥价格更为便宜。
有机肥：主要指各种动物和植物等，经过一定时期发酵腐熟后形成的肥料（其中包括经过加工的菜籽饼，是没有异味的）。 有机肥含有大量生物物质、动植物残体、排泄物、生物废物等物质、施用有机肥料不仅能为农作物提供大面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是生产的主要养分来源。
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