在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，生物有机肥明显提高了果品。内在上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气；从外在看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明，施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子，可溶性糖含量增加1.0%，可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实
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在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，生物有机肥明显提高了果品。内在上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气；从外在看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明，施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子，可溶性糖含量增加1.0%，可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实糖度达到14.39；显着改善了富士苹果果实的香气，挥发性物质多13个成分，含量多5.7个百分点。
生物有机肥的生产主要包括发酵菌促进物料腐熟过程、添加功能菌二次发酵过程和成品加工过程。通过发酵使物料完全腐熟是整个生产的关键环节，在发酵腐熟阶段，多数企业采用槽式堆置发酵法。水分、C/N 比、温度、pH、通风情况等过程参数直接影响物料腐熟的程度和发酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解钾菌等复合功能菌群进行二次发酵， 通过控制发酵条件提高产品中的有益活菌数， 从而达到增强生物有机肥肥效的目的。发酵结束后，为了提高产品的商品性和保证产品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圆盘造粒后低温烘干工艺为佳。
现阶段， 国内种植户施用生物有机肥的积极性不高，生物有机肥使用率相对较低，主要在蔬菜、水果、中草药、烟和草等附加值较高的经济作物上应用。但随着人们消费水平和安全意识的提高， 对绿色有机农产品的需求日益增强， 生物有机肥将会成为农业生产的必然选择。
目前，生物有机肥在一些生态区、绿色和有机农产品基地应用取得了较好的效果， 这对生物有机肥今后的推广应用起到良好的作用。
在生物有机肥的生产过程中需有效地控制影响有机废物发酵、微生物繁殖的各因素。主要的影响因素为有机质含量、含水率、碳氮比、堆肥过程的氧浓度和温度以及pH值等。一方面，通过对诸因素的控制满足各微生物菌的种的生长繁殖所必需的碳氮比、温度、湿度、pH值、氧量及其它的营养元素;另一方面，不同的营养物质含量可产生不同效果的肥效，比如含碳量高有助于土壤真菌增多，氮则有助于土壤细菌增多，而钙对于作物抗病有明显的效用。
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