分子实验介绍——印迹(Western blot)检测
通过SDS-PAGE凝胶将细胞或生物样品内的蛋白按照蛋白分子量从大到小规律分离开。经过PAGE分离的蛋白质样品,转移到固相载体(例如纤维素薄膜或PVDF膜)上,固相载体以非共价键形式吸附蛋白质,且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。他们的结果表明,NimbleGen平台作为一个使用高密度重叠探针的平台,尽管覆盖
PCR
分子实验介绍——印迹(Western blot)检测
通过SDS-PAGE凝胶将细胞或生物样品内的蛋白按照蛋白分子量从大到小规律分离开。经过PAGE分离的蛋白质样品,转移到固相载体(例如纤维素薄膜或PVDF膜)上,固相载体以非共价键形式吸附蛋白质,且能保持电泳分离的多肽类型及其生物学活性不变。他们的结果表明,NimbleGen平台作为一个使用高密度重叠探针的平台,尽管覆盖了较少的基因组区域,但在灵敏检测小的变异时所需的测序量也少。以固相载体上的蛋白质或多肽作为抗原,与对应的起反应,再与酶或同位素标记的第二起反应(目前主要用HRP标记的第二),经过底物显色或自显影以检测电泳分离的特异性目的基因表达的蛋白成分(目前主要使用鲁米诺和二抗中的HRP反应发出荧光,通过仪器或者胶片显色)。该技术广泛应用于检测蛋白水平的表达。
实验流程:细胞收集-细胞裂解,蛋白提取-蛋白变性-SDS-PAGE电泳-蛋白质转膜印记-蛋白封闭-目的孵育-二抗孵育-显色拍照
结果示例:
图 A不同大小的质粒转染细胞后,Western blot检测图片;B A蛋白不同培养时间后Western blot检测图片;C 使用Image pro plus软件对A蛋白灰度检测,A蛋白表达变化统计图
甲l基化特异性的PCR
Herman 等( 1996 )在使用重亚硫酸盐处理的基础上新建的一种方法。该方法敏感性高,主要用于作定性研究。用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生jia基化的胞嘧定被转化为尿嘧ding,而jia基化的胞嘧定不变;随后设计针对jia基化和非jia基化序列的引物进行PCR。miRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的miRNA表达均有严格的组织特异性和时序性。通过电泳检测MSP扩增产物,如果用针对处理后jia基化DNA链的引物能得到扩增片段,则说明该位点存在jia基化;反之,说明被检测的位点不存在jia基化。
特点:适用范围广,能够检测特异位点是否发生jia基化。
亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)
亚硫酸氢盐修饰后测序法( BSP ) Frommer 等( 1992 )提出的研究 DNA jia基化方法,此方法可靠性及jing确度高,能明确目的片段中每一个 CpG 位点的jia基化状态。用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生jia基化的胞嘧ding被转化为尿嘧ding,而jia基化的胞嘧ding不变。除了文中提到了三个主流平台,外显子组捕获方面的新产品也在不断推出,研究人员的选择也将更广泛。随后设计BSP引物进行PCR,在扩增过程中尿嘧定全部转化为胸腺嘧定,zui后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生jia基化,称为BSP-直接测序法。将PCR产物克long至载体后进行测序,可以提高测序成功率,这种方法称为BSP-ke隆测序法。
特点:jing确度高,能够准确检测出jia基化的程度百分比。

单核苷酸多态性( SNP )实验
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性 ,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。单核苷酸多态性(SNP)实验SNP(SingleNucleotidePolymorphisn即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。
实验方法原理:
SNP (Single Nucleotide Polymorphisn即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态性(Polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个SNP ,无论是比较于限制性段长度多态性(RFLP)分析还是微标记(STR) ,都要广泛得多。SNP是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个SNP位点。由于线粒体有着与真核生物长期共生的进化历史,因此其基因组包含了反映物种进化的关键信息,同时,相对于核基因组,线粒体基因组小,容易对大量物种进行横向的比较分析,有利于生物进化的研究,因而受到进化生物学家的钟爱。-般认为,相邻的SNPs倾向于一起遗传给后代。 于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的SNP等位位点称作单体型( haplotype b大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。-个染色体区域可以有很多SNP位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签SNPs(tagSNP)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。
lncRNA测序
长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以