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当湖泊水体中氮磷营养物质过剩时，水体中浮游藻类会暴发性生长，覆盖水体表层，导致水体透明度降低，太阳光照无法到达沉水植物表面或光照不足以维持沉水植物的光合作用过程，从而导致沉水植物的退甚至逐渐消亡，沉水植物的缺失会加剧湖泊水质的恶化，使湖泊生态系统由清水稳态向浊水稳态转化。水下光场分布富营养化导致的水质恶化，会对水体水
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当湖泊水体中氮磷营养物质过剩时，水体中浮游藻类会暴发性生长，覆盖水体表层，导致水体透明度降低，太阳光照无法到达沉水植物表面或光照不足以维持沉水植物的光合作用过程，从而导致沉水植物的退甚至逐渐消亡，沉水植物的缺失会加剧湖泊水质的恶化，使湖泊生态系统由清水稳态向浊水稳态转化。
水下光场分布
富营养化导致的水质恶化，会对水体水下光场分布产生直接的影响。在透明度较高的长江中下游湖泊中，水下光照度大值出现在560nm左右，随着水深的增加，光照会逐渐衰减，但是衰减速率相对较慢
到达水体底部的光照强度能够满足沉水植物光合作用需求，沉水植物能够正常生长繁殖；在透明度较低的湖泊中，水下光照度大值随着水深的增加向红光波段移动，且蓝光波段衰减速率大于红光波段衰减速率。
在可见光范围内，红光和蓝光都是植物光合作用能够吸收利用的波段，但是因为叶绿素a对可见光的吸收峰值主要在红光波段，叶绿素b的吸收峰值在蓝光波段，因此水体中蓝光的衰减会影响沉水植物叶片的色素构成，进而影响沉水植物的物种分布。
随着研究人员对长江中下游湖泊的研究工作逐步深入，长江中下游湖泊富营养化机制已基本被阐释，目前更多的研究工作主要围绕湖泊生态系统恢复展开。在湖泊生态系统恢复的进程中，沉水植被的的恢复重建至关重要，当湖泊水体氮磷浓度降低到适合沉水植物生长时，穗状狐尾藻、金鱼藻、苦草等先锋种开始恢复定植。
沉水植物的恢复重建是一个缓慢的过程，单一物种的恢复很难长期维持，一般在短暂恢复后又趋于退。而多物种、多种群的恢复能够取得良好的恢复效果，研究表明当沉水植物丰富度达到3种物种以上时，能够显著改善水质指标和水体透明度
化感作用
沉水植物分泌的化感物质可抑制水体中浮游植物的生长对于根系不发达的沉水植物如黑藻、伊乐藻、金鱼藻等,主要依靠自身叶片吸收水体中的营养盐，如NO3-、PO43-、CO2和HCO3-，进而与浮游植物形成竞争关系。研究表明，大量沉水植物可以导致水体中磷含量急剧下降，造成浮游植物缺乏营养盐而难以在夏天形成水华。
对于根系发达的沉水植物如眼子菜、苦草、狐尾藻等，可通过根吸收和促进沉积物中化学反应等方式对内源污染进行控制，削减浮游植物营养盐来源。
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