生物有机肥质量的优劣主要取决于其中所含益生菌的作用强度和活菌数量， 目前生物有机肥的生产中通常使用活性强且耐高温、高渗、干旱等抗逆性较强的菌，且在生产过程中要考虑各种菌剂之间的相互作用，不可随意混合。根据微生物在生产中的作用可分为发酵菌和功能菌。发酵菌多由复合菌系组成，具有促进物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌有酵母菌、光合细菌、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在产品中
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生物有机肥质量的优劣主要取决于其中所含益生菌的作用强度和活菌数量， 目前生物有机肥的生产中通常使用活性强且耐高温、高渗、干旱等抗逆性较强的菌，且在生产过程中要考虑各种菌剂之间的相互作用，不可随意混合。根据微生物在生产中的作用可分为发酵菌和功能菌。发酵菌多由复合菌系组成，具有促进物料分解、腐熟、除臭的功能，常用菌有酵母菌、光合细菌、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在产品中发挥特定的肥料效应的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐细菌等为主，在物料腐熟后加入。
国内外大量研究表明， 施用生物有机肥可以有效防治土传病害。利用对枯萎病有拮抗作用的多黏类芽孢菌制成的生物有机肥， 其田间防治效果达到73％。由枯草芽孢菌Ⅱ-36 和Ⅰ-23 分别制成的茄子生物肥BIO-36 和BIO-23， 经盆栽试验验证，这两种肥料均能有效抑制茄子青枯病， 防病率分别为96％和91％。目前，生物有机肥在防治蔬菜、水果、烟草等作物土传病害方面效果十分显著， 是防治土传病害的一条重要且有效的生态调控防病途径。
发明适合的土壤环境。在酸性土壤上施用应中和土壤酸度后再施。土壤过火枯燥时，应及时灌浇。大雨过后要及时扫除田间积水，进步土壤的通透性。量体裁衣推行应用不同的微生物菌肥料。如根瘤菌肥料应在豆科作物上普遍施用，解磷、解钾类微生物肥料应施用于营养潜力较高的土壤。防止开袋后长期不用，要留意密封贮存以免菌中流失。开袋后长期不用，其他细菌就可能侵入袋内，使肥料中的微生物菌群的发作改动，影响其运用效果。防止在高温干旱条件下运用。
看物料。是否均匀。抓一把肥料在阳光下观察，阴潮呈团、干燥呈灰都非正常产品。适合特殊功能菌中生长的“有机肥营养”应是套餐型，由多种有机营养物质组成(如：菜粕、黄豆粉等发酵制成)，在光线下能看到原料的痕迹，或者能闻到原料的特殊气味。看效果。加少量水将生物有机肥调成团状，放在冰箱里冻成冰块，然后拿出来溶化，反复三次，肥料中的菌中将会冻死或大幅度减少；这是用它和将原产品进行比较试验、在相同的田块里观察差异，差异明显好肥料，差异不明显，表明该产品有问题，建议放弃使用。
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