在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，生物有机肥明显提高了果品。内在上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气；从外在看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明，施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子，可溶性糖含量增加1.0%，可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实
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在苹果、柑橘、葡萄、梨、草莓、李子和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，生物有机肥明显提高了果品。内在上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气；从外在看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。在设施栽培桃上的研究结果表明，施用生物有机肥比对照施用鸡粪明显改善了桃子，可溶性糖含量增加1.0%，可滴定酸含量降低3.5%；施用生物有机肥的红地球葡萄果实糖度达到14.39；显着改善了富士苹果果实的香气，挥发性物质多13个成分，含量多5.7个百分点。
生物有机肥生产的技术含量相对较高，除了在腐熟过程中要加入促进有机物料腐熟、分解的生物菌剂，以实现定向腐熟、除臭等目的外，在产品中还需要加入具有特定功能的微生物，以提升产品的作用效果。目前，我国从管理上将生物有机肥纳入微生物肥料范畴，实施比有机肥更为严格的管理措施，以促进有机肥的健康发展。
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四、生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。
五、生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。
六、生物有机肥经高温腐熟，杀了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。
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