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PCR实验室中实验反应的特点是具有较大的扩增能力与极高的灵敏性，但令人头疼的问题是易污染，极其微量的污染即可造成假阳性的产生。

面对众多的污染源，比如样本交叉污染、试剂仪器交叉污染、质粒污染、PCR扩增产物污染、还有极容易忽视的气溶胶污染，气溶胶是由固体或液体小质点分散并悬浮在气体介质中形成的胶体分散体系，在空气与液体面摩擦时，比如在操作时比较剧烈地摇动反应管，开盖时、吸样时及污染进样枪的反复吸样都可形成气溶胶而污染。这样的污染来的悄无声息，防不胜防。

PCR实验室呈现的一个走廊，试剂准备区、样品制备区、扩增区和产物分析区很规范的排列在一起的是理想的排列模式，个区域都具有一个缓冲间，可供换工作服和工作鞋使用，顶上可装一紫外灯。PCR实验室并没有严格的净化要求，但是为避免各个实验区域间交叉污染的可能性，宜采用全送全排的气流组织形式。同时，要严格控制送、排风的比例以保证各试验区的压力要求。

扩增产物分析区。该区域主要进行的操作为扩增片段的测定。本区是主要的扩增产物污染来源，因此对本区的压力梯度的要求为：相对于邻近区域为负压，以避免扩增产物从本区扩散至其它区域。

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对于实验室来说通排风系统十分的常见，而且其重要程度相当的高。因为实验操作过程中通常会伴随着有毒有害气体的产生，这些气体通常是对人体和环境都有害的，这样一来实验室通排风系统便就起着重要的作用了。所以建设实验室的时候就要按照一套的通排风系统。

实验室通排风系统在建设的过程中，需要根据有毒有害气体的种类进行分开设置，比如强腐蚀的气体和一般腐蚀的气体给与分割开来。通风柜可以设置单独排风系统，也可以数个以上的集中排风系统，犹如万向排风罩等。

实验室中采用集中排气系统的时候，往往一个通风柜系统所携带的通风柜不宜大于四个，当通风柜不在同一个楼层的时候，不需要设置一个排风系统，不然会导致通排风系统符合过载，也会产生楼层之间的有毒有害气体的倒灌等状况。