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沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2+在沉水植物根际氧化作用下形成Fe
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沉水植物除了通过根、叶吸收水体中的氮、磷及控制水体中营养盐浓度外，还可在光合作用过程中产生氧气扩散到根际并进入沉积物，影响沉积物氮、磷的循环。相关研究表明，沉水植物覆盖的区域中，氧气可以渗透至沉积物表层20 mm处，而在无沉水植物覆盖的区域，氧气的渗透深度仅4 mm；沉积物中的Fe2+在沉水植物根际氧化作用下形成Fe3+,并与PO43--P形成铁-磷复合体,抑制磷从沉积物释放到水体中。同时，沉水植物通过促进沉积物-水界面的反硝化作用，还原硝盐，释放出分子态氮(N2)或一氧化二氮(N2O)，减少水体中的氮营养盐。
温度对沉水植物的影响
温度是影响沉水植物繁殖体发芽和幼苗生长的重要因素。温度虽对菹草冬芽的萌发无影响;但萌发后两周内幼苗的生长受到温度的显著影响。氧饱和条件下，20℃时，萌发的幼苗能够正常生长，根的发育正常;10℃时，萌发的幼苗初期生长较慢，但终也能够正常生长发育，长出时间较晚且生长速度慢。厌氧条件下，20℃和10℃时幼苗虽然生长速度较快，但均为白化苗，且根的发育受到抑制。苦草种子在水温18-22℃时，经4-Sd开始发芽，约15d，出苗率可达98%以上，并且温度为20℃时，发芽率往往达到高。
在无光条件下，菹草幼苗节间长度明显大于有光处理。在暗处理中，菹草叶片的质膜透性显著增加;在有光照条件下，有无基质对菹草幼苗叶片叶绿素a(Chla)、叶绿素b(Chlb)以及Chla/Chlb 比值的影响为Chla, Chlb的含量高，Chla/Chlb比值在3.5上下波动;Chla/Chlb大值和小值在有基质时分别为4.4和2.8, 无基质时为4.2和2.7;但对幼苗处理40d时，暗处理的叶片质膜透性与有光有基质、有光无基质之间差异极显著(P<0. 0l)。黑藻断枝生殖的佳生长条件为水温15-20℃ ,光照强度8401ux左右，pH值6-7对，4种沉水植物营养繁殖体萌发的光需求进行了初步的实验研究。
随着研究人员对长江中下游湖泊的研究工作逐步深入，长江中下游湖泊富营养化机制已基本被阐释，目前更多的研究工作主要围绕湖泊生态系统恢复展开。在湖泊生态系统恢复的进程中，沉水植被的的恢复重建至关重要，当湖泊水体氮磷浓度降低到适合沉水植物生长时，穗状狐尾藻、金鱼藻、苦草等先锋种开始恢复定植。
沉水植物的恢复重建是一个缓慢的过程，单一物种的恢复很难长期维持，一般在短暂恢复后又趋于退。而多物种、多种群的恢复能够取得良好的恢复效果，研究表明当沉水植物丰富度达到3种物种以上时，能够显著改善水质指标和水体透明度
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