PCR法不仅仅局限于分子生物学，还因其简便、迅速等特点被广泛应用于医学、法医学、食品、环境卫生检验、动植物检验等其它领域。Taq DNA聚合酶是PCR法普遍使用的聚合酶，但其具有如下局限性。
1. 可信度 (Fidelity)：通常Taq DNA Polymerase的Fidelity并不高，PCR反应有时会出现错配 (Misincorporation) 现象，因而P
粗提物定量PCR试剂
PCR法不仅仅局限于分子生物学，还因其简便、迅速等特点被广泛应用于医学、法医学、食品、环境卫生检验、动植物检验等其它领域。Taq DNA聚合酶是PCR法普遍使用的聚合酶，但其具有如下局限性。
1. 可信度 (Fidelity)：通常Taq DNA Polymerase的Fidelity并不高，PCR反应有时会出现错配 (Misincorporation) 现象，因而PCR克1隆、变异导入等实验中，需加以注意。
2. 扩增的DNA长度：使用Taq DNA Polymerase进行PCR扩增时，通常可扩增几kb的DNA，超过10 kb则比较困难。这就给利用PCR进行Mapping等Genome解析带来麻烦。
3. 扩增量：使用Taq DNA Polymerase进行PCR产物克1隆及食品、环境卫生检验等时，扩增量常常达不到要求。为解决以上难题，Takara在对Polymerase、Buffer及反应条件等进行深入研究的基础上，开发了LA PCR (Long and Accurate PCR) 技术，运用此技术可大量正确地扩增长达40 kb 的DNA部分片段。LA PCR技术扩展了PCR的应用范围，可在Genome解析、基因诊断、长片段 DNA的克1隆及变异导入等方面发挥优势。
Hot Start PCR的原理
Hot Start PCR法是提高PCR特异性的重要方法之一。这种方法可以防止在PCR反应第yi步骤因引物的错配或引物二聚体的形成而导致的非特异性扩增，从而可以提高目的DNA部分片段的扩增效率。TaKaRa Taq Hot Start Version，TaKaRa Ex Taq Hot Start Version，TaKaRa LA Taq Hot Start Version，PrimeSTAR HS DNA polymerase，MightyAmp DNA Polymerase是抗1体和DNA聚合酶的混合制品。抗1体在高温加热前与聚合酶相结合，抑制聚合酶的活性。在PCR反应zui初的DNA变性步骤，抗1体变性，聚合酶活性恢复。
分子克1隆
PCR被广泛应用于目标DNA部分片段的克1隆，该技术被称为 PCR 克1隆。在直接PCR克1隆中，DNA（如，gDNA、cDNA、质粒DNA）的目标区域被扩增并插入到特殊设计的兼容载体中。
除了制备插入片段，PCR也是一种在在克1隆后筛选克1隆是否携带目标插入片段的有效方法。引物经过设计，可以用于确定载体中插入片段是否存在和插入方向。
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